Em 20 de setembro de 1916, era inaugurado o INSTITUTO BRASILEIRO DE CONTABILIDADE, com sede provisória na Associação dos Empregados no Comércio, na Rua Gonçalves Dias, 42, 2º andar, a fim de, congregando guarda-livros e contabilistas, elevar-lhes o nível cultural e aprimorar-lhes o exercício profissional.

Sendo imprescindível, já na década de 20, o preparo profissional acadêmico para o domínio dos recursos científicos e tecnológicos, o IBC, visando a acabar com o empirismo na habilitação para a atividade contábil, fundou, em 1926, a Escola Técnico-Comercial. Em 1932, passou a funcionar no sobrado do prédio da Rua da Carioca, 52, com os cursos Propedêutico, Técnico de Guarda-Livros e Perito Contador. O Sindicato dos Contabilistas do Rio de Janeiro, criado em 16 de outubro de 1934, passou a ser a entidade mantenedora da Escola Técnico-Comercial.

João Ferreira de Moraes Júnior, um dos fundadores do IBC, almejava a articulação seqüencial do curso técnico de contabilidade de nível médio com o curso de grau superior, porém não teve êxito. A criação da Faculdade de Ciências Contábeis e Atuariais prevista no Estatuto do Sindicato dos Contabilistas do Rio de Janeiro continuava no papel até 25 de abril 1964, quando, precisamente no Dia do Contabilista, o Professor Píndaro José Alves Machado Sobrinho, imbuído do mesmo ideal e tenacidade de Moraes Júnior, realizou o sonho dos contabilistas, inaugurando e instalando a Faculdade de Ciências Contábeis e Administrativas do IBC, tendo passado depois, em lugar de IBC, a ostentar o nome do líder dos contabilistas - Moraes Júnior, em homenagem aos feitos em prol dos contabilistas decorrentes das suas campanhas, entre eles o reconhecimento e a regulamentação da profissão, a regulamentação do ensino médio e superior de Contabilidade, a normalização da fiscalização do exercício profissional, o projeto da criação do Conselho Federal de Contabilidade e dos Conselhos Regionais de Contabilidade (Lei nº 9.295 de 27/4/1946).

A Faculdade Moraes Júnior iniciou as suas atividades acadêmicas e didático–pedagógicas no dia 25 de abril de 1964, com o curso de graduação em Ciências Contábeis, autorizado pelo Decreto do Executivo Federal nº 55.909 de 12 de abril de 1965.

O funcionamento do curso de graduação em Administração começou em 1968, tendo o parecer de nº 07/1968, de 30/01/1968, sido aprovado pelo Conselho Federal de Educação e divulgado pela Revista Documenta nº 80, pagina 42, em decorrência da regulamentação da profissão de Técnico em Administração pela Lei nº 4769, de 9 de setembro de 1965.

Em função do pleno e regular funcionamento dos cursos de graduação em Ciências Contábeis e em Administração, comprovado pelos termos de visita de avaliação in loco dos técnicos em assuntos educacionais da Delegacia Regional do Ministério da Educação e Cultura – MEC do Rio de Janeiro, a Faculdade Moraes Junior foi credenciada a funcionar oficialmente pelo Decreto Executivo Federal nº 66.406, de 02 de abril de 1970 (DOU de 03 de abril de 1970, seção 1, pagina 01).

Em agosto de 2005 o Instituto Presbiteriano Mackenzie associou-se ao Instituto Brasileiro de Contabilidade. Assim, o IBC passou a ter como associado uma das instituições mais renomadas do país, que mantém a Universidade Presbiteriana Mackenzie, sediada em São Paulo, respeitada pela excelência e tradição no oferecimento de cursos superiores.

O objetivo da associação foi de agregar, para as duas instituições, valores educacionais e culturais. É importante destacar que a associação do Instituto Presbiteriano Mackenzie ao Instituto Brasileiro de Contabilidade não retirou a autonomia de ensino da Faculdade Moraes Junior, assegurada no seu regimento interno e nas decisões de seus órgãos colegiados, mantendo, assim, a última, a diplomação e a certificação de seus cursos.

A partir de 2008, substituiu-se a mantenedora original, o Instituto Brasileiro de Contabilidade (que recebera a mantença após a criação da Faculdade, pelo Sindicato dos Contabilistas, em 1964), pelo igualmente tradicional Instituto Presbiteriano Mackenzie, preservando-se a estrutura administrativa e com investimentos na recuperação da estrutura física. A mudança da mantença trouxe vários benefícios, como, entre outros, melhorias na infraestrutura e na qualificação do corpo docente, com implantação de Núcleos Docentes Estruturantes em todos os cursos, maior número de professores em tempos parcial e integral e abertura de novos grupos de pesquisas, como o Núcleo de Estudos de Diversidade, do curso de Direito, o Núcleo de Estudos Internacionais, do curso de Ciências Econômicas e o Núcleo de Prática Contábil, do curso de Ciências Contábeis.