Em 1998, mais um passo foi dado para trazer mais pessoas para a vida mackenzista: a UPM passou a abrigar a Universidade Aberta do Tempo Útil (UATU), com cursos voltados ao público externo. Idiomas, artes, história e cultura estão entre as temáticas abordadas na UATU. Em 1998 também foi estruturado o Núcleo de Prática Jurídica da Universidade, no âmbito de extensão universitária da Faculdade de Direito, e foi lançado o portal Mackenzie, iniciando a jornada da Instituição no mundo digital.

Em 1999 foi lançada a Editora Mackenzie, dedicada à publicação de livros acadêmicos de caráter técnico-científico — como teses, dissertações e demais publicações produzidas pelo Mackenzie e por outras instituições —, obras paradidáticas voltadas ao público universitário e revistas científicas de cursos ministrados pela Universidade.

Em 2001 foi criado o Mackenzie Soluções, unidade de negócios que atua junto às empresas privadas, públicas e do terceiro setor, com projetos de consultoria, pesquisa e desenvolvimento, cursos In Company e Multi Company e outros produtos de diversos segmentos empresariais.

No ano de 2004 foi realizada a primeira edição do Dia Mackenzie Voluntário. Com a conclusão das obras de restauração do Edifício John Mackenzie, conhecido como Prédio 1, o Centro Histórico foi aberto à comunidade. Nesse mesmo ano, foi criado o Sistema Mackenzie de Ensino (SME), unidade responsável pela organização e pelo registro da Proposta Educacional do Instituto para a Educação Básica, produzindo materiais didáticos e outras soluções pedagógicas para escolas parceiras. Hoje, o serviço atinge cerca de 250 escolas parceiras em 19 estados, compreendendo um total de quase 40 mil alunos. O SME está fundamentado em um projeto pedagógico específico, destinado a escolas confessionais, construído sob a visão cristã de mundo, com seus princípios e valores. Em 2005, a cidade de São Paulo colocou o Mackenzie no calendário: 18 de outubro foi instituído oficialmente como Dia do Mackenzista, data instituída pela Lei Municipal n. 14.067/2005.

Nova expansão ocorreu em 2005, com a abertura do campus Mackenzie Rio, que surgiu por meio de uma parceria acadêmica firmada entre a UPM, pelo IPM, e a Faculdade Moraes Júnior, uma das mais antigas IES do Rio de Janeiro, então mantida pelo Instituto Brasileiro de Contabilidade (IBC). O nome atual foi adotado em 2008, quando o IPM assumiu o papel de mantenedor.

Em 2006, a UPM avançaria na organização de suas unidades acadêmicas do campus Higienópolis com a criação de unidades centradas em diferentes especialidades do conhecimento: o Centro de Ciências Biológicas e da Saúde (CCBS), que engloba os cursos de graduação em Educação Física, Ciências Biológicas, Psicologia, Farmácia, Nutrição e Fisioterapia, além de tecnólogo em Gastronomia; o Centro de Comunicação e Letras (CCL), que reúne os cursos de Publicidade e Propaganda, Jornalismo e Letras; e o Centro de Ciências Sociais Aplicadas (CCSA), com os cursos de Administração, Ciências Econômicas e Ciências Contábeis.

Em 2007, foi consolidada a implantação do Sistema Mackenzie de Ensino nos colégios mantidos pelo Instituto Presbiteriano Mackenzie. Em 2008, veio mais uma marca do Mackenzie na cidade de São Paulo, com a inauguração do busto de John Mackenzie na Praça Mackenzie, localizada na esquina da rua da Consolação com a rua Sergipe, a poucos metros do campus Higienópolis. No mesmo ano foram realizadas a reinauguração do Auditório Ruy Barbosa, no campus Higienópolis, e a inauguração de novas instalações para Educação Infantil no Mackenzie Brasília.

Em 2008 começou a funcionar o campus de Campinas, no interior de São Paulo, que conta com instalações próprias desde 2011 e oferece os cursos de Administração, Engenharia Civil, Engenharia de Produção e Direito. O campus conta também com programas de pós-graduação lato sensu por meio do Centro de Ciências e Tecnologia (CCT), unidade interdisciplinar que agrega cursos de Ciências Humanas, Exatas e de Negócios. Em 2009, o Mackenzie inaugurou seu Núcleo de Ensino a Distância (EaD).

A partir de 2011, a UPM passou por novas mudanças, com a reformulação dos cursos de graduação, a valorização do empreendedorismo, o desenvolvimento do protagonismo estudantil, o fortalecimento da pesquisa e da pós-graduação e a internacionalização da Universidade. Começaram a ser feitos novos investimentos do IPM direcionados às melhorias dos campi, das salas de aula aos laboratórios. Em 2011 foi inaugurado o Edifício Eduardo Lane, no campus de Campinas. Em 2012, o Mackenzie firmou parceria entre com o Graphene Center da National University of Singapore para o desenvolvimento de pesquisas em grafeno. O Centro Histórico Mackenzie mudou de posição no organograma institucional, passando a integrar o IPM, e acrescentou à sua nomenclatura o caráter cultural, passando a se denominar Centro Histórico e Cultural Mackenzie (CHCM).

Ainda em 2012, foi criado o Centro de Educação, Filosofia e Teologia (CEFT), voltado à formação de bacharéis em Teologia, Pedagogia e Filosofia. Hoje, todos os Centros oferecem também cursos de pós-graduação lato e stricto sensu, bem como atividades de extensão universitária.

Em 2014, o IPM assumiu a gestão do Instituto Cristão de Castro (ICC), fundado em 1915 e localizado no município de Castro, no estado do Paraná. Além do Ensino Médio regular, a instituição associação ao Colégio Presbiteriano Mackenzie oferece o curso técnico em Agropecuária, que transmite aos alunos conhecimentos sobre agricultura, bovinocultura de corte e leite, suinocultura, caprinocultura, entre outros.

Em 2015 foi inaugurada a sede do Núcleo de Educação Continuada da Faculdade Presbiteriana Mackenzie Rio de Janeiro. Também foi o ano de criação da Faculdade Presbiteriana Mackenzie Brasília (FPMB), com a ampliação das instalações para dois campi na cidade, na Asa Sul e no Lago Sul, e a incorporação de novas atividades. A FPMB oferece graduações em Administração, Direito e Engenharia Civil; diversos cursos de pós-graduação lato sensu, nas áreas de Finanças, Negócios e Direito; além de programas de extensão e grupos de pesquisa.

O ano de 2016 foi marcado por uma série de grandes conquistas científicas. Em parceria com a NASA, o Centro de Radiologia e Astrofísica Mackenzie lançou seu balão estratosférico. Também foi o ano de inauguração do Centro de Pesquisas em Grafeno, Nanomateriais e Nanotecnologia do Mackenzie, o edifício MackGraphe. Trata-se do maior investimento temático do IPM na UPM, resultado da integração de quatro áreas do conhecimento — Engenharia de Materiais, Engenharia Elétrica, Química e Física, com objetivo de dedicar-se às pesquisas avançadas em grafeno, nanomateriais e nanotecnologia. Em 2016, começou a funcionar o Colégio Presbiteriano Mackenzie de Palmas, no estado do Tocantins, que está estruturado em duas unidades, uma para a Educação Infantil e o Ensino Fundamental, e outra para Ensino Médio. Também foi criado o Centro Mackenzie de Liberdade Econômica, think-thank de orientação liberal clássica voltada para o debate em torno do papel do mercado e das características e consequências dos diferentes tipos de intervenção e regulação na economia brasileira.

Em 2017, o Centro Histórico e Cultural Mackenzie comemorou 20 anos de existência, marcados pela investigação e promoção da história do Mackenzie e por ações culturais. Também nesse ano, o IPM deu um passo além da área da educação, assumindo a direção do Hospital Doutor e Senhora Goldsby King, em Dourados, Mato Grosso do Sul. No mesmo ano, a Instituição comemorou os centenários do curso de Engenharia Elétrica e da Faculdade de Arquitetura.

Em 2018, o metrô de São Paulo inaugurou a Estação Higienópolis-Mackenzie, a única da malha metroviária paulistana nomeada com base em uma instituição de ensino. O Coral da Capela completou 10 anos; e foi lançado o Programa Mackenzie de Inclusão, destinado a fomentar a inclusão e a diversidade no quadro de colaboradores da Instituição.

Em dezembro de 2018, foi dado mais um passo na área da saúde, quando a Instituição assumiu o Hospital Universitário Evangélico de Curitiba. Com isso, a instituição de saúde passou a se chamar Hospital Universitário Evangélico Mackenzie (HUEM). Com amplos investimentos em modernização e contratação de profissionais, hoje o HUEM é referência no Sistema Único de Saúde (SUS) da capital paranaense e realiza, por ano, mais de 1,3 milhão de atendimentos, 27 mil internações, 24 mil cirurgias, 180 mil consultas ambulatoriais, 1 milhão de exames e mais de 3 mil partos. No mesmo ano foi incorporada ao IPM a Faculdade Evangélica do Paraná, fundada em 1969, vinculada ao HUEM, e atualmente denominada Faculdade Evangélica Mackenzie do Paraná (Fempar), que oferece cursos de graduação e pós-graduação em Medicina.

No ano de 2019, o IPM lançou o primeiro Doutorado Profissional em Controladoria e Finanças Empresariais no país, com o objetivo de formar profissionais capacitados, com foco na gestão, produção ou aplicação do conhecimento, visando à solução de problemas ou proposições de inovações por meio da incorporação do método científico.

Voltando seu olhar para o público interno, ainda em 2019, a Instituição criou o Portal Mackenzie Academia Corporativa (MAC), que disponibiliza diversos cursos com o intuito de divulgar a cultura mackenzista entre os profissionais da casa, a fim de possibilitar o desenvolvimento de habilidades e competências comportamentais e técnicas.

Em fevereiro de 2020, ano do sesquicentenário do Instituto Presbiteriano Mackenzie, Marco Tullio de Castro Vasconcellos assumiu a reitoria da UPM, com o objetivo de trazer inovações e flexibilizar as práticas pedagógicas, adaptando-as às atuais demandas sociais — isso de modo abrangente, da graduação à extensão. Diante do momento de desafios que o mundo passou a viver em março daquele ano, com a pandemia de covid-19, esses objetivos se encaixaram perfeitamente às necessidades impostas pelo distanciamento social. Previamente preparado em seu modelo de gestão e capacitado tecnologicamente, o Mackenzie como um todo — dos colégios às faculdades — venceu todos os desafios que se apresentaram nesse período de quase dois anos. Cerca de 40 mil alunos passaram a acompanhar as aulas de maneira remota, da Educação Infantil ao Ensino Superior. No mesmo ano, o CHCM passou a integrar a Chancelaria do Mackenzie.

No primeiro semestre de 2021, a UPM deu início ao programa Educação Executiva Mackenzie (EEM), com oferta de cursos de aperfeiçoamento e lato sensu premium, com o intuito de gerar o conhecimento aplicado ao dia a dia das organizações. As turmas são compostas de líderes de corporações, executivos e demais profissionais do mercado, que buscam capacitação e qualificação para a liderança em ambientes corporativos de diferentes setores. O ano de 2021 também foi marcado pela aquisição de uma propriedade no bairro de Botafogo, na zona sul do Rio de Janeiro, para ser a nova sede da Faculdade Presbiteriana Rio de Janeiro.

Esportes: prática e incentivo

E vale lembrar que, mesmo depois de tanto tempo, a relação entre Mackenzie e o basquete continua reunindo grandes nomes dessa modalidade. A atual técnica da seleção Mackenzie de basquete feminino, Alessandra Santos de Oliveira, foi jogadora da seleção brasileira e conquistou a medalha de prata nas Olimpíadas de 1996 e a de bronze nos jogos mundiais de 2000.

Nos dias de hoje, são muitas as modalidades esportivas nas quais o Mackenzie investe, seja na prática que é incentivada em todos os Colégios, seja por meio da seleção Mackenzie, organizada pela Coordenadoria de Gestão Desportiva Universitária (CGDU) da UPM. Entre as modalidades estão: xadrez, badminton, esgrima, atletismo, natação, lutas (judô, jiu-jítsu, taekwondo), tênis, tênis de mesa, voleibol, basquetebol, handebol e futsal, polo aquático, nado artístico e até mesmo e-sports, com competições de futebol eletrônico. Além disso, o Mackenzie patrocina e patrocinou atletas do esporte paralímpico, como o campeão de natação Daniel Dias e a ciclista Jady Malavazzi.