Vinculada à Reitoria, a Pró-Reitoria de Controle Acadêmico (PRCA) também incorpora as competências funcionais da Secretaria dos Conselhos Superiores da Universidade, tendo como atribuições:

• Organização e secretariado das reuniões do Conselho Universitário e do Conselho de Ensino, Pesquisa e Extensão;
• Registro, representação acadêmica-institucional e supervisão das solenidades de colação de grau;
• Gestão do controle acadêmico, desde os processos seletivos para ingresso até a conclusão do curso, com a devida colação de grau (no caso dos cursos de graduação), e emissão e registro de diplomas e/ou certificados de conclusão (para cursos de pós-graduação lato sensu).
• Realização do atendimento acadêmico aos alunos.

Estão integradas à PRCA as seguintes áreas:

Coordenadoria de Processos Acadêmicos (CPAC): coordena e executa procedimentos e serviços referentes ao registro acadêmico, desde a matrícula inicial e as subsequentes até controle de registro de frequência, de notas lançadas em sistema próprio, colações de grau, expedição e assinatura de diplomas e certificados de conclusão, além de outros documentos (declarações e históricos escolares), para todos os cursos de graduação (presenciais e a distância), pós-graduação lato sensu (presenciais e a distância) e pós-graduação stricto sensu;

Coordenadoria de Processos Seletivos (CPS): planeja, organiza e executa os diversos processos seletivos para ingresso nos cursos de graduação da Universidade e apoia os processos seletivos para os cursos de pós-graduação stricto sensu;

Coordenadoria de Acervo Acadêmico, Registro de Diplomas e Documentos (CARD): controla o acervo acadêmico, o registro e controle de diplomas, certificados de conclusão e outros documentos universitários que devem ser formalmente registrados;

Procuradoria Acadêmica Institucional (PI): intermedia a comunicação entre a Universidade e o Ministério da Educação (MEC), para assuntos referentes à graduação e outros de natureza acadêmico-institucional, e assessora as instâncias internas no fluxo de comunicação junto ao Ministério, em interlocução que não seja de responsabilidade direta dessa instância.