A Área de Proteção Ambiental (APA) de Campos do Jordão está localizada na Serra da Mantiqueira, com altitude média de 1.700 m acima do nível do mar, fazendo parte de um conjunto de áreas protegidas, pelo Estado de São Paulo e pelo Governo Federal. Essa região é caracterizada por uma cobertura vegetal de transição entre a Mata Atlântica e a Mata de Araucárias. A primeira apresenta em estágios sucessionais desde capoeiras até remanescentes de porte arbóreo denso. Na segunda, por sua vez, a vegetação associada à altitude apresenta exemplares de pinheiro-do-paraná, pinheiro-bravo e campos de altitude. O Instituto Presbiteriano Mackenzie possui uma grande área no bairro de Umuarama , a cerca de 7 km do centro de Campos do Jordão. Nessa área, onde já funcionava uma colônia de férias para os funcionários, foi construída uma "Base Avançada", constituída por um laboratório de pesquisa, sala de aula e instalações anexas. A Base, denominada "Núcleo de Estudos e Pesquisas Ambientais Mackenzie" (NEPA) é utilizada nas atividades de campo e na pesquisa científica.