As origens da Escola de Engenharia remontam ao século XIX, quando José Bonifácio de Andrada e Silva, então residindo na Europa, despertara em John Theron Mackenzie o interesse de promover no Brasil o ensino dos modernos conhecimentos tecnológicos.
Sem ter podido vir ao Brasil, John Theron Mackenzie destinou em seu testamento significativo legado com a finalidade específica de ser instalado em nosso País uma Escola de Engenharia, nos métodos pedagógicos das Universidades Americanas.
Coube à Igreja Presbiteriana dos Estados Unidos de incumbir-se do encargo e tornar realidade o empreendimento, criando a primeira Escola de Engenharia particular do Brasil.
Assim, em 16 de novembro de 1893, foi iniciada a construção do prédio destinado à Escola de Engenharia, cuja instalação efetiva deu-se em fevereiro de 1896. Teve como fundador o médico e educador, Prof. Dr. Horace Manley Lane, e como seu primeiro diretor, o engenheiro Dr. William Alfred Waddell.
A Escola de Engenharia Mackenzie sempre esteve sintonizada com a realidade do desenvolvimento nacional.
De início, as tarefas fundamentais eram os levantamentos topográficos e a abertura das ferrovias e rodovias pela mão da engenharia civil.
Logo depois, com o surgimento das grandes usinas geradoras, impulsionando a indústria, a engenharia voltada para a área da eletricidade ganhou novas cadeiras e uma importância maior.
Desenvolveu-se então a indústria química, levando o Mackenzie a abrir, já em 1916, um curso superior de Química Industrial, sob a direção do Prof. Alfred Cownley Slater. No ano seguinte, funda-se o Curso de Engenheiros Mecânicos-Eletricistas, sob a direção do Engenheiro Wayman A. Holland Jr.
Fenômeno análogo iria ocorrer com o Curso de Engenharia Eletrônica, que chegou ao Brasil e ao Mackenzie no início da década de 50, fundada pelo então Professor Jaroslav Smit, e com a indústria automobilística, que cresceu em estreita ligação com o Curso de Engenharia Mecânica, fundado em 1958 pelo então Diretor da Escola de Engenharia Antonio Valente do Couto.
Quando se verificou a tendência da Indústria Brasileira dar preferência aos profissionais multidisciplinares, com sólida formação em matérias básicas e aptidão para o desenvolvimento e a gestão tecnológica para novos materiais e suas aplicações, a Escola de Engenharia, sob a direção do Prof. Antonio de Oliveira, implantou o moderno Curso de Engenharia de Materiais, nas modalidades de Química e Metalurgia.
Acompanhando a nova fase de mudanças tecnológicas e organizacionais do mundo globalizado, que necessita de aperfeiçoamento dos setores produtivos com vistas a adquirir ganhos de qualidade e produtividade, atento aos aspectos éticos e sociais das organizações, implantou-se em 2002, sob a direção do Prof. Dr. Roque Theophilo Jr., o Curso de Engenharia de Produção.