A Faculdade de Computação e Informática foi fundada em 1970, com o nome de Faculdade de Tecnologia, em decorrência da necessidade de suprir, em curto prazo, os vários setores do mercado de trabalho com profissionais qualificados em cursos superiores de base tecnológica. Em 1999, foi transformada em Faculdade de Computação e Informática.

A infraestrutura disponível para seus cursos atuais, Bacharelado em Ciência da Computação e Bacharelado em Sistemas de Informação, inclui uma biblioteca setorial especializada, modernos laboratórios de  informática e salas equipadas com computadores e lousas digitais, tudo com a finalidade de oferecer apoio às atividades acadêmicas e de pesquisa, associando a alta formação técnica à visão humanística da profissão.

O curso de Ciência da Computação tem a computação como atividade fim, preparando seus egressos para atuarem no projeto e desenvolvimento de software.

O curso de Sistemas de Informação prepara seus egressos para o uso das tecnologias de computação, comunicação e informação no suporte à gestão dos negócios das organizações.

Ambos os cursos também se preocupam com o desenvolvimento científico e tecnológico de forma profissional, ética e socialmente responsável.

Essa estrutura e filosofia de trabalho fizeram com que, em 2011, a Universidade Presbiteriana Mackenzie fosse considerada uma das três melhores universidades privadas do país e a primeira do estado na categoria Ciências Exatas e Informática, segundo o Guia do Estudante da Editora Abril.

Desde sua fundação até o final do 1º semestre de 2011 a FCI graduou cerca de 17.000 alunos, muito bem aceitos no mercado de trabalho.