O CPAJ é governado por um regimento interno (RI-CPAJ) elaborado pela Junta de Educação Teológica e aprovado pela Comissão Executiva do Supremo Concílio da Igreja Presbiteriana do Brasil (CE-SC/IPB 2003). A gestão do CPAJ é exercida pelo seu diretor, o qual também preside seu órgão administrativo, a Câmara de Pós-Graduação. A administração dos programas do CPAJ é também exercida pelos respectivos coordenadores de cursos. Cabe à JET a supervisão das atividades do CPAJ. Os regulamentos e as normas do programa do CPAJ estão expressos nas partes deste catálogo acadêmico, sendo elaborados pela Câmara de Pós- Graduação e aprovados pela Junta de Educação Teológica. O diretor e os coordenadores de cursos são auxiliados na gerência e no controle dos assuntos acadêmicos pela controladoria acadêmica. Os alunos devem encaminhar seus assuntos acadêmicos, em primeira instância, à controladoria, que os encaminha às instâncias superiores (vide Controladoria Acadêmica, adiante).