A educação no CPAJ inicia com a Bíblia. Radicado na tradição reformada, o CPAJ ensina que a religião cristã é verdadeira, e que o ensino em profundidade da Bíblia em seu contexto histórico revelará essa verdade, construindo uma base para o ministério cristão.

O artigo 5° do Regimento Interno do CPAJ estabelece os princípios institucionais que o CPAJ deve observar no desenvolvimento de suas atividades.

Princípios Institucionais
No desenvolvimento de suas atividades, o CPAJ observará os seguintes princípios:

a) Fidelidade às Escrituras Sagradas como única regra de fé e prática;
b) Lealdade à Confissão de Fé de Westminster e aos Catecismos
Maior
e Breve como fiel exposição da doutrina bíblica-reformada;
c) Obediência à Constituição da Igreja Presbiteriana do Brasil;
d) Igualdade de condições para o acesso e permanência nos cursos;
e) Liberdade de aprender, ensinar, pesquisar e divulgar a cultura, a arte, o pensamento e o saber teológicos;
f) Elevados padrões de espiritualidade e de qualidade do ensino;
g) Valorização das experiências pastoral e missionária;
h) Relevância da educação teológica para a obra pastoral e missionária da Igreja.

O CPAJ está comprometido com um elevado padrão acadêmico, primando pela excelência e piedade em sua tarefa de servir. O que une os alunos que aprendem aqui é um profundo conhecimento da Palavra, entusiasmo e paixão pela fé cristã e o desejo intenso de alcançar o mundo com a mensagem redentora. Esse mesmo espírito é refletido no lema do CPAJ, retirado de Isaías 11:2 (que aparece em hebraico no selo do CPAJ): “Espírito de conhecimento e de temor do Senhor”.

Os estudantes são desafiados e orientados por um corpo docente experiente, sustentando uns aos outros como membros dessa comunidade de aprendizes. Desse modo, crescem intelectualmente e espiritualmente, firmes na fé, e prosseguem certos de que, assim como o poder da Palavra está mudando suas vidas, também os prepara para oferecer a mensagem de Deus a outros.

O compromisso dos professores do CPAJ com os padrões doutrinários da IPB é expresso no termo aprovado pela JET em 6 de setembro de 2002, que é assinado pelos professores do CPAJ.