A linha geral de pesquisa do programa de pós-graduação do CPAJ é a tradição teológica reformada histórica. A pesquisa e a instrução são desenvolvidas em cinco campos do saber teológico: Teologia Exegética, Teologia Sistemática, Teologia Filosófica, Teologia Histórica e Teologia Pastoral. Cada um destes campos representa um departamento ou uma cadeira, sob a liderança de um professor titular.

      O CPAJ oferece hoje em seu programa de pós-graduação quatro Cursos com reconhecimento intracorpus. Estes cursos se distinguem pelos seus diferentes propósitos e não necessariamente na forma de hierarquia de importância.
 

• Pós-graduação lato sensu (especialização) no regime Educação a Distância (EAD).
• Mestrado em Divindade, levando ao título de Magister Divinitatis (Mestre em Divindade). É um mestrado stricto sensu, mas de natureza intracorpus. Seu perfil acompanha o dos Mestrados Profissionais descritos pela Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES/MEC.
• Sacrae Theologiae Magister: É um mestrado stricto sensu, levando ao título de Sacrae Theologiae Magister (S.T.M. ou Mestre em Teologia Sagrada). O título é oferecido intracorpus, mas foi desenvolvido com vistas à eventual avaliação e credenciamento pela CAPES.
• Doutorado em Ministério, levando ao título de Doutor em Ministério (Doctor of Ministry ou D.Min.). Oferecido em parceria com o Reformed Theological Seminary (RTS), o D.Min. é um título profissional avançado, tendo natureza intracorpus no Brasil, mas com validade internacional (reconhecido pela Association of 20 Theological Schools, o órgão de credenciamento de escolas teológicas dos Estados Unidos) mediante o convênio com o RTS.
  
  

      Ainda faz parte dos planos do CPAJ a futura criação de um Doutorado Acadêmico em Teologia, levando ao título de Philosophiae Doctorem, ou Ph.D., a ser desenvolvido com vistas à avaliação e credenciamento pela CAPES.

      O CPAJ reconhece que os cristãos têm diferentes dons e ministérios. Assim, oferece uma variedade de linhas de pesquisa em diferentes áreas dos estudos teológicos, visando capacitar os servos do Senhor para melhor servi-lo nas funções a que foram chamados. As linhas de pesquisa estão agrupadas em três áreas de concentração, as quais podem ser divididas, quanto ao propósito de formação, em duas categorias.

Áreas de Concentração visando à formação para a docência e pesquisa

• Estudos Históricos e Teológicos (linhas de pesquisa: Teologia Sistemática, Teologia Histórica e Teologia Filosófica)

• Estudos Bíblico-Hermenêuticos: (linhas de pesquisa: Antigo e Novo Testamentos)

Concentração visando à formação para a docência e a prática ministeriais

• Teologia Pastoral (linhas de pesquisa: Aconselhamento, Educação Cristã, Missões Urbanas e Pregação).
  
  

      O quadro a seguir relaciona os cursos, os títulos concedidos e as áreas oferecidas, incluindo também o doutorado acadêmico (em planejamento):

      Seguem nas próximas páginas os regulamentos e detalhes de cada um dos cursos presentemente oferecidos.